[mdtoday = 김미경 기자] 국세청이 사무장병원 적발 자료를 확보하고도 이를 제대로 활용하지 않아 수백억 원 규모의 부가가치세 징수 기회를 놓친 것으로 드러났다.

감사원이 발표한 ‘국세청 정기감사 보고서’에 따르면 국세청은 2020년부터 2024년까지 국민건강보험공단으로부터 사무장병원 등으로 의심되는 573건(기관 466개)의 과세자료를 제출받았다.

대법원 판례에 따라 의료보건용역은 부가가치세 면제 대상이지만, 의료인이 아닌 사람이 개설·운영하는 사무장병원은 면제 대상이 아니다.

이에 따라 해당 기관들이 부당하게 면제받은 부가세는 과세 대상이지만, 국세청의 세원 관리가 제대로 이뤄지지 않았다는 지적이다.

감사원이 제출 자료 중 471건을 점검한 결과, 의료법 위반으로 유죄가 확정돼 과세가 가능한 359건(기관 169개)에 대해 국세청이 과세 여부를 검토하지 않은 것으로 확인됐다.

이 때문에 가산세를 포함해 총 576억6316만원의 부가가치세가 제대로 징수되지 않았거나 누락될 우려가 있는 것으로 나타났다. 특히 246건(기관 105개)은 부과제척기간이 지나 266억6149만원은 사실상 징수가 불가능해졌다.

국세청은 공단으로부터 받은 자료를 차세대국세행정시스템(NTIS)에 입력만 해두고, 이를 활용하기 위한 구체적인 지침을 지방국세청이나 세무서에 전달하지 않은 것으로 드러났다.

아울러 자료에 유죄 확정 여부가 표시돼 있지 않다는 이유로 보완 요청도 하지 않은 채 활용하지 않은 것으로 조사됐다.

감사 과정에서 국세청은 “재판 결과를 기다리는 과정에서 부과제척기간이 임박한 자료의 활용 방안을 마련하지 못했다”고 설명했다.

감사원은 국세청장에게 사무장병원 등 의료법 위반자 관련 과세자료를 세원 관리에 철저히 활용하도록 요구하며 ‘주의’ 조치를 내렸다. 또한 부과제척기간이 지나지 않은 사안을 중심으로 부가가치세를 조속히 추징할 방안을 마련하라고 통보했다.

국세청은 “업무 매뉴얼을 마련하고 부과제척기간 내 과세자료가 처리될 수 있도록 관리·감독을 강화하겠다”고 밝혔다.